Однопользовательская кампания Metal Gear Solid: Portable Ops повторяет события Metal Gear Solid 3:
Snake Eater, в которой Биг Босс создает FOXHOUND, пытаясь выследить коварное подразделение FOX, начавшее кровавое восстание в Южной Америке. Действие игры разворачивается в 1970 году, она станет недостающим звеном в продолжающейся саге Metal Gear. Игроки узнают больше о таких вернувшихся персонажах, как Пара-Медик, Майор Зеро и Сигинт, а также станут свидетелями величайшей трагедии Биг Босса, которая положит начало событиям последующих игр в хронологии Metal Gear Solid.
Metal Gear Solid: Portable Ops - это фирменная стелс-экшен-игра для PSP, в которой появилось несколько новых элементов, добавляющих глубину и разнообразие игровому процессу нового приключения Биг Босса. Благодаря новой интуитивно понятной камере от третьего лица, оптимизированной для игры на портативной консоли, геймеры смогут лучше видеть окружение Биг Босса, определять угрозы, а также находить лучшие места для подкрадывания и укрытия. История Metal Gear Solid: Portable Ops будет рассказана в полностью озвученных кинематографических сценах с использованием 3D-моделей и оригинальных иллюстраций известного художника Эшли Вуда.
По мере прохождения одиночной кампании Metal Gear Solid: Portable Ops игроки смогут набирать товарищей для создания оригинальной боевой группы. Помимо обычных врагов и солдат, игроки смогут набирать уникальных NPC в зависимости от их действий в той или иной ситуации, создавая вооруженную силу, соответствующую их собственному стилю игры. Благодаря беспроводным возможностям системы PSP игроки могут искать добровольцев через точки беспроводного доступа.
Усовершенствовав геймплей многопользовательского сетевого режима из Metal Gear Solid 3: Subsistence, Metal Gear Solid: Portable Ops позволяет игрокам вступать в сетевые стычки, используя возможности беспроводной инфраструктуры системы PSP. Игроки смогут использовать свой отряд из одиночной части игры, а также набирать новых членов и торговать с другими игроками, используя свои уникальные способности и сея хаос на многочисленных многопользовательских уровнях игры.
В многопользовательских режимах Metal Gear Solid: Portable Ops также представлена новая система "Белый флаг", позволяющая игрокам сдаться и продолжить бой в каждом раунде или сражаться до смерти до начала следующей игры. Система "Белый флаг", делающая упор на скрытность игры, еще больше развивает сетевую игру серии Metal Gear и создает связь между игроком и его командой, когда они вместе работают над достижением поставленных целей.