Для воинов клана Мистической Тени остров Линь Фэй всегда был местом поклонения. Именно здесь находился храм Белых Ниндзя - идеальное место для медитации и поклонения древним божествам. Злобный сёгун Кунитоки из конкурирующего клана Асикага знал, что, победив врагов на Святой земле, он сможет покрыть их вечным позором. Вступив в союз с силами ада, он неожиданно напал на своих противников и убил всех без исключения. По крайней мере, он так считал.
Главный герой игры The Last Ninja, созданной компанией System 3, - Армакуни, последний из воинов Мистической Тени, который во время паломничества своих братьев на остров Линь Фэй стал хранителем святилища Бунджинкан. Узнав о расправе над Кунитоки, он решает отправиться на Святую землю и в одиночку противостоять врагу. Удастся ли ему справиться с этим нелегким искусством, решать, конечно же, вам, игроку.
Исследование острова разделено на шесть обширных этапов, в ходе которых мы побываем в пустыне, джунглях, садах, подземельях, дворце и храме. На каждом из них нас ждет десяток-другой хищников, сражающихся как в ближнем бою, так и с помощью стрелкового оружия. Поначалу Армакуни может полагаться только на силу своих кулаков, но со временем найдутся и подходящие средства уничтожения (меч, нунчаки, сюрикены, а также такие изобретения, как, например, дымовая свеча). Помимо нанесения ударов, наш герой может прыгать, карабкаться по некоторым стенам и собирать падающие то тут, то там предметы. Последний фактор понадобится уже через несколько мгновений, ведь только с помощью нужных вещей мы сможем преодолеть несколько ловушек, расставленных приспешниками Кунитоки на пути к цели.