Warriors Orochi 3 Hyper объединяет полюбившихся героев серий Dynasty Warriors и Samurai Warriors в сюжете, в котором также представлены персонажи из Ninja Gaiden, Warriors: Legends of Troy, Bladestorm, Trinity: Souls of Zill O'll, Dead or Alive и новый персонаж, созданный специально для Warriors Orochi 3 Hyper!
Спустя годы после битвы с Орочи, Змеиным Королем, герои Трех Королевств и Воюющих Государств пытаются взять под контроль новую вселенную, в которую они попали, когда возникает новая угроза. Ужасное и колоссальное чудовище, похожее на змею с восемью головами, бросает свою тень на всю землю и побеждает большинство отважных воинов.
Выжившие, которым помогает таинственная Кагуя, отправляются в прошлое, чтобы спасти павших воинов, заключить новые союзы, собрать мощное оружие и создать армию, чтобы получить шанс победить ужасную Гидру.