Когда разразилась война между двумя главными мировыми державами - Империей Гилос и Республикой Гелик, ее последствия распространились по всему миру, втянув в борьбу и другие страны. Двумя такими государствами были Маролл и Джамиль. Во время войны нападения Маролла на соседний Джамиль были разрушительными, и даже спустя десятилетие после окончания войны экономика и инфраструктура Джамиля так и не были полностью восстановлены. Вражда, паранойя и взаимное недоверие между двумя странами мешали им найти общий язык и завершить мирные переговоры. В течение десяти долгих лет две страны находились в состоянии холодной войны.
Теперь, в игре Zoids Assault, после загадочного взрыва на одной из военных баз Маролла на территорию Джамиля отправляются две секретные оперативные группы, точные детали миссии которых не разглашаются. Каким-то образом события настоящего неразрывно связаны с прошлым, с последними днями войны десятилетней давности.
Командуйте армией зоидов: Возьмите под свой контроль флот гигантских биомеханических форм жизни, сочетающих в себе способности зверя и машины, чтобы создать свирепое оружие войны.