На протяжении всей игры вам нужно будет развивать своего персонажа. Помимо очевидных ресурсов, таких как здоровье и количество бомб и ключей, у Исаака есть четыре менее заметные характеристики: скорость передвижения, скорострельность, сила удара и дальность (которую можно посмотреть только в меню паузы).
 | Isaac (Исаак) Главный герой игры. Изначально доступный персонаж. |  | ||
| Здоровье | Скорость | Скорострельность | Урон | Дальность слез |
| III | II | II | II | II |
 | Magdalene (Магдалина) Доступна после выигрыша 7 красных сердец за один раз. |  | ||
| Здоровье | Скорость | Скорострельность | Урон | Дальность слез |
| IIII | I | II | II | II |
 | Cain (Каин) Доступен после накопления 55 монет или более за один раз. |  | ||
| Здоровье | Скорость | Скорострельность | Урон | Дальность слез |
| II | III | II | III | I |
 | Eve (Ева) Доступна после заключения двух договоров с дьяволом за один раз. |  | ||
| Здоровье | Скорость | Скорострельность | Урон | Дальность слез |
| I | II | II | I | II |
 | Judas (Иуда) Доступен после завершения игры (все 8 уровней). |  | ||
| Здоровье | Скорость | Скорострельность | Урон | Дальность слез |
| I | II | II | IIII | II |
 | ??? (Синий мальчик) Доступен после 10 полных проходов. |  | ||
| Здоровье | Скорость | Скорострельность | Урон | Дальность слез |
| III | II | II | II | II |